これは建設業法で定められています。

第七章　雑則

（都道府県知事の経由） 
第四十四条の四 　第三条第一項の許可を受けようとする者、建設業者及び第十二条各号に掲げる者がこの法律又はこの法律に基づく命令で定めるところにより国土交通大臣に提出する許可申請書その他の書類で国土交通省令で定めるものは、国土交通省令で定める都道府県知事を経由しなければならない。

・省令：建設業法施行規則より、
第六条 　法第五条 の規定により国土交通大臣に提出すべき許可申請書及びその添付書類は、その主たる営業所の所在地を管轄する都道府県知事を経由しなければならない。

ということなので、お手数ですが、主たる営業所の所在地が大阪府内の場合、許可申請書、変更届は大阪府咲洲庁舎に提出してください。

ところで、許可申請や、確認書類が必要な変更届（営業所の所在地・経管・専技・令3）に関する確認書類は、近畿地方整備局に直送することになっています。