この件、随時申請が可能です。

平成25・26年度競争参加資格審査申請書・申請書の手続き - 国土交通省

様式 ①-２　または　様式 ①-３　の様式の、「申請を希望する部局」欄に、今回申請を希望する部局に○印をして申請します。

申請書の提出先は、国土交通省地方整備局等へ申請する場合、申請者の本店所在地を管轄する地方整備局へ提出します。

国土交通省大臣官房官庁営繕部及び国土技術政策総合研究所（横須賀庁舎を除く｡）のみを希望する場合であっても、申請者の本店所在地を管轄する地方整備局に提出して下さい。